يشترط للقبول في برنامج الماجستير في العلوم الصيدلانية بالإضافة إلى الشروط المنصوص عليها باللائحة العامة للدراسات العليا بالجامعة ما يلي:
أ. أن يكون المتقدم حاصلا على درجة البكالوريوس في أحد العلوم الصحية أو ما يعادلها وأن تكون معتمدة من إحدى الجهات المختصة بمعادلة واعتماد المؤهلات الليبية.
ب. تُحدد اللجنة الفرعية للدراسات العليا بالكلية، السعة الاستيعابية والعدد الأقصى الذي سيتم قبوله كل عام قبيل البدء.
ج. على المتقدم اجتياز المقابلة الشخصية للتأكد من قدرته وكفاءته وكذلك اجتياز التقييم المبدئي الذي تجريه الكلية لتقييم المتقدمين خاصة في اللغة الإنجليزية واساسيات علوم الحاسوب او تقديم ما يفيد باجتياز اختبارات دولية في هذه التخصصات سابقا.
د. تلبية للحاجة في بعض البرامج ونظرا لخصوصيتها يمكن للجنة الدراسات وبعد موافقة مجلس الكلية أن تجري تقييما مبدئيا لتقييم مستوي الطالب في مواد التخصص قبيل انخراط الطالب في البرنامج.
ه. تحدد الأقسام العلمية المقررات الدراسية الاستدراكية المكملة لكل برنامج دراسي في حال حاجة الطالب لذلك على أن تنجز من قبل الطالب قبل أو خلال انخراطه في برنامج الدراسات العليا.